Orgány celní správy kromě správy spotřebních daní a energetických daní vykonávají další činnosti, které souvisí se spotřebními daněmi, a to v následujících oblastech.
- Povinné značení lihu a distribuce lihu
Zákon č. 307/2013 Sb., o povinném značení lihu (dále jen „zákon o PZL“), který nabyl účinnosti dnem 1. 12. 2013, je právní norma, kterou se nastavují parametry a podmínky pro provádění povinného značení lihu kontrolními páskami ke značení lihu a stanovení povinností při distribuci lihu. Jeho účelem je zejména zamezit nelegální výrobě lihu a zajistit, aby nakládání s lihem probíhalo v souladu s platnými právními předpisy, zejména s předpisy, které upravují nakládání s lihem a spotřební daně, a tím omezit možnosti vzniku daňových a celních úniků a zajistit potřebnou ochranu spotřebitelů lihu.
- Distribuce pohonných hmot
Zákon č. 311/2006 Sb., o pohonných hmotách od 1. 10. 2013 zavedl povinnost registrace distributorů PHM a poskytovat kauci. Následnou novelou od 1. 7. 2015 zákon upravuje kauce u menších distributorů PHM. Pokud distributor PHM splní zákonem stanovené podmínky pro snížení kauce, celní úřad na jeho žádost sníží kauci z 20 000 000 Kč na 10 000 000 Kč. Dále distributorům PHM novela zákona ukládá oznamovací povinnost týkající se nákup a prodeje PHM.
- Biopaliva (obnovitelné zdroje)
Zákon č. 201/2012 Sb., o ochraně ovzduší, definuje druhy biopaliv určených pro pohon motorových vozidel, stanovuje povinnost přimíchávat biopaliva do pohonných hmot a definuje kritéria udržitelnosti biopaliv. Celní správa dohlíží na dodržování povinností dle § 20 odst. 3, podle které je dodavatel vybraných PHM povinen podávat zprávu o emisích skleníkových plynů jak MPO tak příslušnému celnímu úřadu.
Zákon č. 165/2012 Sb., o podporovaných zdrojích energie, ukládá dodavatelům paliv povinnost zajistit minimální podíl energie z obnovitelných zdrojů v pohonných hmotách a elektřině dodávaných pro dopravní účely dle § 47d až § 47f. Celní správě dle tohoto ustanovení jsou svěřeny kompetence v případě podávání Hlášení o splnění povinnosti zajištění minimálního podílu energie pokročilého biometanu v zemním plynu a biometanu, které dodává ke spotřebě pro dopravní účely, resp. minimálního podílu elektřiny vyrobené z obnovitelného zdroje energie v množství elektřiny spotřebované pro dobíjení vozidel v jím provozované dobíjecí stanici (dále jen „hlášení“).